В Wolfenstein 3D игрок управляет солдатом, пытающимся бежать из одноимённой нацистской крепости; ему противостоит множество вооружённых охранников и сторожевых собак. Здание наполнено потайными комнатами, где хранятся разного рода драгоценности, пищевые продукты и медицинские аптечки, а также различное оружие и боеприпасы. Игрок двигается по уровням игры, в конце каждого сюжетного эпизода (коих 6) предстоит схватка с финальным боссом — особенно сильным противником, для победы над которым требуется немало усилий со стороны игрока. Для прохождения эпизода достаточно завершить только 9 из 10 уровней. Где-то в восьми первых миссиях каждого эпизода находятся замаскированные выходы на секретный 10-й уровень. Такой уровень в третьем эпизоде прославился тем, что представлял собой одну из вариаций известной игры Pac-Man.