Как и в оригинальной Metal Gear, целью Снейка Солида, является проникновение в цитадель противника, избегая обнаружения вражескими солдатами или устройствами видео-наблюдения. Чтобы выполнить свою миссию, вы должны собирать различные оружия и оборудование, такие как огнестрельное оружие, взрывчатые вещества и рации, а также ключи-карты для доступа к новым областям. Если вы будете обнаружены противником, игра будет идти в тревожной фазе, где вражеские солдаты будут всеми силами врываться к вам, чтобы схватить. Вам нужно победить определенное количество вражеских солдат, чтобы вернуться к фазе инфильтрации и пройти на другой этаж и зону..