Данки Конг вместе со своим другом Дидди должен вернуть запасы бананов, похищенные Королём К. Рулом и его кремлингами. Данки Конг обнаруживает, что хранилище бананов, расположенное прямо под его домом, опустошено, и отправляется в путешествие по родному острову. Собирая потерянные бананы в самых разных местах острова, Данки Конг должен уничтожить множество противников, среди которых встречаются рептилии-кремлинги и другие опасные создания, населяющие остров. В этом путешествии ему помогают другие члены семьи Конг: Дидди, сопровождающий Данки в его путешествии, Крэнки, дающий советы и подсказки по ходу путешествия, Кэнди, заведующая местами отдыха на острове, и Фанки, обеспечивающий быстрое передвижение. Также на помощь Данки Конгу приходят различные животные, каждое со своими уникальными способностями. В конце концов Данки Конг добирается до корабля «Gangplank galleon», где сражается с королём К. Рулом. После его уничтожения запасы бананов возвращаются на своё место.