Как заявили в одном из интервью разработчики, Mortal Kombat Trilogy не является полноценной сюжетной частью серии и представляет собой бессюжетный сборник. Однако некоторые части сюжета Mortal Kombat Trilogy вошли в канон серии, такие, как история персонажа Камелион и изменение истории, согласно которому турнир в МК2 служил отвлекающим манёвром для Земных Бойцов на время воскрешения королевы Синдел.
Все остальные части сюжета, как например некоторые биографии и концовки, а также появление Горо и Кинтаро, каноном не являются.