События игры происходят после эпохи Рихтера Бельмонта и сюжета Symphony of the Night, где-то в XIX веке. Поскольку, к тому времени клан Бельмонтов исчез, для борьбы против Дракулы было создано несколько магических орденов. Наиболее перспективным среди них был орден — Order of Ecclesia, который создал триаду магических символов на основе силы Дракулы, под названием «Dominus» (Доминиус). Шаноа была выбрана лидером ордена — Барлоу, как человеческая ипостась для энергии Доминиуса. Когда орден приступил к магическому ритуалу, скрижали Доминиуса (гнев, ненависть, агония) были похищены другим членом организации — Альбусом, в результате чего Шаноа потеряла свои воспоминания и эмоции. Она отправляется в путь, чтобы вернуть себе память, не подозревая об истинных намерениях Альбуса.